申请乙级农业综合开发生态工程设计资质的审查要点主要包括以下几个方面：
1. **企业基本信息**：
- **法人资格**：审查企业是否具有独立法人资格，是否合法注册并有效存续。
- **注册资本**：核实注册资本是否达到乙级资质标准要求的最低限额。
- **社会信誉**：通过查询企业信用记录、是否有不良行为记录等，评估企业社会信誉。
2. **技术条件**：
- **技术装备**：审查企业是否具备必要的勘察设计软件、硬件设备以及相关技术装备。
- **质量管理体系**：检查企业是否建立了完善的质量管理体系，包括设计过程控制、质量检验、档案管理等制度。
3. **人员配备**：
- **数量要求**：核查企业专业技术人员总数是否达到乙级资质标准设定的最低人数。
- **专业结构**：审查专业技术人员的专业构成是否覆盖资质标准要求的专业类别，且各专业人员数量是否满足比例要求。
- **职称与资格**：核实每位专业技术人员的职称证书、注册执业资格证书等，确保其符合标准要求。
- **技术负责人**：重点审查技术负责人或总工程师的资格、学历、设计经历、主持项目业绩等，确认其满足资质标准的特定要求。
4. **业绩证明**：
- **项目类型**：审查企业提供的业绩项目是否属于农业综合开发生态工程范畴，是否符合资质标准对项目类型的定义。
- **项目规模**：核实项目规模是否达到乙级资质标准设定的最低限额，如项目总投资、工程量等指标。
- **项目质量**：通过查阅设计图纸、验收报告、用户评价等材料，评估项目设计质量及实施效果。
- **项目数量**：确认企业提供的业绩项目数量是否达到资质标准要求的最低数量。
5. **财务状况**：
- **财务报告**：审查企业最近一期的财务审计报告，评估其财务状况是否健康，资本结构是否合理，是否有足够的资金支持设计业务开展。
- **纳税证明**：查看企业近期的纳税记录，验证其依法纳税情况。
6. **管理制度**：
- **内部管理制度**：检查企业是否建立健全了包括财务管理、人力资源管理、项目管理、档案管理等在内的内部管理制度。
- **安全生产制度**：审查企业是否制定了符合国家法律法规要求的安全生产管理制度和应急预案。
7. **诚信记录**：
- **信用记录查询**：通过相关信用信息平台查询企业及主要管理人员是否存在不良信用记录，如行政处罚、违约失信等。
8. **其他要求**：
- **地方性规定**：根据地方性规定，可能还需要审查企业是否符合特定的区域要求，如本地化服务、地方贡献等。
以上是申请乙级农业综合开发生态工程设计资质的主要审查要点。
审查过程中，主管部门或评审专家会根据实际情况对各项内容进行全面、细致的核查，确保申请企业符合资质标准的各项要求。
企业应提前做好充分准备，确保提供的所有材料真实、准确、完整，以提高审查通过率。